Já consegui resolver, perguntei no suporte do tema, segue a solução:
.et_fixed_nav #main-header, .et_fixed_nav #top-header {
position: fixed !important;
}
ul#mobile_menu {
height: 650px;
overflow-y: scroll;
}
Obrigado!
Então, esse é o problema, não fui eu que fiz, só sei que foi feito junto com jquery e queria desativar essa função de fixar o menu na versão mobile.
Sim é pago, porém o menu foi feito fora do tema, por isso abri esse tópico, não estou conseguindo ajusta-lo.