Bom dia @mrstecno não é problema de Zindex, mas sim de configuração do css.
Veja se não fez alguma alteração no css do woocommerce, pois tem uma alteração na classe da tabela alterada:
.single-product div.product table.variations td, .single-product div.product table.variations th {
display: list-item;
padding: 0;
list-style: none;
background-color: transparent;
position: relative;
top: 100px; <-- ESTE CARA TÁ CAUSANDO A SOBREPOSIÇÃO
}
Este é um problema do plugin e ainda não achei substituto que esteja atualizado com a versão 2.5 do woocommerce.