Cara tive o mesmo problema e acabei descobrindo que para especificar o menu desejado seria com theme_location, o mais engraçado e que pesquisei no codex e ele mostrou que para especificar o menu seria com o seguinte código: <?php wp_nav_menu( array('menu' => 'Project Nav' )); ?> mas pelos meus testes náo deu certo assim só com theme_location.
