%subcategory%, pelo que sei, não está disponível. Até pq ela aparece como Categoria principal no Permalink. Só se vê que é Sub-Categoria se você disponibilizar na página da postagem.
O que sugiro é usar a data logo depois da Categoria, até pra tornar a navegação mais prática.
Pelo que entendi você se refere às Categorias, Filipe.
Você pode criar quantas forem necessárias em Posts > Categorias. E depois, na página do Editor, basta selecionar a Categoria em que o Post se encaixa, antes de publicá-lo.
Pode criar, inclusive, Sub-Categorias para dividir melhor o conteúdo. Depois é só organizar tudo no menu de navegação.
Vi que vc usou de base o tema http://newwpthemes.com/wordpress-theme/stratie/ e realmente ficou muito bom a combinação de cores e design.
Então, cara, tive de usar um tema como base pra poder agilizar e facilitar o trabalho. Mas foi a pior decisão sempre, hauahuaha!
Certos trechos do código entraram em conflito com alguns plugins e foi (na verdade ainda é) uma tremenda dor de cabeça. =P
Mas, pelo que você pode ver aí, o que pode aconselhar sobre velocidade, desempenho e coisas do tipo? Se fosse preciso mudar algo, o que seria exatamente?
Valeu, abraços!