opa,
você fez upgrade e o MultiSite parou de funcionar?
– e se fez, foi automático ou manual?
a configuração do MS está presente no wp-config?
– deixe-me ver o bloco correspondente ao MS
qual o conteúdo do .htaccess?
as tabelas dos sub-sites estão presentes no banco de dados?
(wp_1_options, etc…)
você pode remover todos os plugins e testar?
(faça uma pasta “plugins-off” e mova todos pra lá)