Uma coisa que acabei de pensar… Existe a possibilidade dos scripts estarem entrando em conflito com scripts do proprio wordpress ??
Cara eu consegui resolver o problema de uma maneira estranha…
Aos invez de colocar as referencias para os scripts no header.php, eu coloquei direto no index.php, bom resolvi o problema. Unico porem é que eu só vou ter estes scripts funcionando no index.
Uma coisa que notei é que quando coloco no header.php os scripts não funcionam, independente de estarem com os links certos ou não.
Outra coisa que não esta funcionando no tema é o
<?php include (TEMPLATEPATH . ""); ?>
Estranho não ??? O que pode estar errado ???