Olá Marcos!
Sim! Em outras formas de pagamento esta correto pois não existe percentual de desconto!
O erro acontece somente na modalidade boleto pois o desconto de 10% que vou conceder no caso de boleto esta sendo calculado com o valor TOTAL não somente tendo como base o valor do PRODUTO.
Sendo assim entre o valor do carrinho e do checkout sempre dará diferença.
Obrigado!