Versões de Arquivos no WordPress 4.7 não atualizam

A forma correta de um tema carregar arquivos CSS e JS é utilizando as funções wp_enqueue_style e wp_enqueue_script, essas duas funções possuem um parâmetro para informar a versão do arquivo e quando atribuido um valor a este parâmetro arquivo é carregado utilizando essa query_string que você informou ?ver=xxx.

Isso não afeta em nada o conteúdo do seu código, é mais uma questão de controle/ documentação. O que pode estar acontecendo é que seu arquivo CSS e JS está salvo em cache, se você modificou eles então deveria modificar a versão deles na chamada, porque ao modificar o sistema de cache entende que se trata de um novo código e faz a atualização.

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@monguilhott, eu expliquei aquilo para que você entenda porque está aparecendo ?v=xxx na chamada dos arquivos CSS e JS e para que perceba que isso não era o problema. Até porque, como você mesmo acabou de falar, o problema acontece com arquivos PHP também e os arquivos PHP não são chamados assim.

Bom, se você não está usando cache e tem certeza que está subindo os arquivos para o local correto entre em contato com o suporte do seu servidor porque tem algo estranho acontecendo por lá.