bom dia @felizrs,
já trabalhei diretamente com setor financeiro de uma empresa e, se as regras não mudaram, a questão das taxas tem a ver com alíquota de imposto sobre produto ou serviço que você está vendendo. ou seja, você embute no valor do seu produto e serviço, pois depois você terá que recolher esses valores e pagar ao governo através de boleto, os famosos DARF.
que eu saiba, nenhum sistema de ecommerce precisa disso, porque a operação envolvida é o pagamento referente a produto(s) ou serviço(s) específico(s). uma vez realizada a venda através do ecommerce, AÍ SIM você irá não somente providenciar a entrega do produto e serviço adquirido, como também a emissão da NOTA FISCAL.
e nenhum sistema de ecommerce emite nota fiscal. para isso, ou você mesmo emite a nota, usando certificado digital e sistemas estaduais ou municipais de emissão de nota, ou usa um sistema que possua essa função, tipo CRM ou ERP, como o Conta Azul, por exemplo. ou, dependendo de onde more, você precisa ir na própria prefeitura emitir a nota – basicamente no interior, pois que eu saiba todos os estados da Federação e as capitais já possuem sistema de emissão de nota fiscal pela internet com uso de certificado digital.
ai sim, quando você for emitir a Nota Fiscal, você precisará preencher o CFOP do produto. inclusive é um campo obrigatório nas notas.
assim, não se preocupe com isso com relação ao woocommerce. o papel dele é intermediar a forma como o cliente irá lhe pagar pelo produto ou serviço. o que você precisará é resolver como emitirá suas notas fiscais. e aqui é onde você precisará que a solução que escolher lhe permita preencher o CFOP.
e claro você precisa de um contador que lhe diga quanto você pagará de impostos ao emitir a nota. e a partir dessa informação precisará embutir o percentual no valor do produto ou serviço. pois caberá a você, normalmente todo mês, emitir DARF para pagamento dos impostos que devem ser recolhidos a partir de suas vendas – que são fiscalizadas a partir das notas fiscais que você emite…
espero ter conseguido ajudar em sua dúvida.
abraços e boa sorte!