Na página que vc cria os menus deve ter ao lado esquerdo na parte superior dois campos para escolher onde vc deve colocar o menu criado.
Basta escolher uma para o do topo e outros para o de baixo, mas para isso vc precisa criar dois menus, ou eles ficarão identicos.
Se vc já fez isso e ainda sim não aparece o menu veja com a elegantthemes como proceder e verifique com eles se não tem nenhum erro no tema.