URL das imagens e atualizações após migrar WordPress de um diretório

Após fazer uma migração do wordpress de um subdiretório (www.site.com.br/beta) para o diretório raiz (www.site.com.br), algumas imagens não apareceram, o upload da imagem funciona sem nenhum erro, porém a imagem que foi uploadeada não aparece, a instalação de plugins funciona, porém a atualização de plugins existentes não.

Seguimos este tutorial aqui:
http://codex.wordpress.org/Moving_WordPress

E como dito nele, já utilizamos o plugin “Velvet Blues Update URLs” e o script de search and replace (http://interconnectit.com/124/search-and-replace-for-wordpress-databases/) para atualizar as referências antigas das imagens. Algumas imagens funcionaram e apareceram normalmente, outras não.

Tentamos configurar a partir do menu “Configurações > Mídia” as opções “Armazenar arquivos enviados nesta pasta” e “Caminho Completo (URL) para os arquivos”, como sugerido em diversos fóruns, porém o problema persistiu.

Ao adicionar uma imagem diretamente pelo FTP, ela fica acessível através de sua URL completa (www.site.com.br/wp-content/uploads/2012/06/imagem.png), porém esta mesma imagem não aparece na biblioteca de imagens através do painel do WordPress, impossibilitando o anexo da mesma nos posts.

Ao tentar atualizar o WordPress para a versão 3.4, ele imprime o seguinte erro:
“Fazendo download de (http://br.wordpress.org/wordpress-3.4-pt_BR.zip)…
Descompactando a atualização…
Não foi possível copiar os arquivos.
Falha na instalação”

Ao tentar atualizar um plugin qualquer:
“Fazendo download de (http://downloads.wordpress.org/plugin/wordpress-seo.1.2.3.zip)…
Descompactando a atualização…
Instalando a versão mais recente…
Removendo a versão antiga do plugin…
Não foi possível remover o plugin antigo.
A atualização do plugin falhou.”

Desconfiamos de que poderia ser um problema com as permissões, porém já corrigimos as permissões que identificamos como erradas, porém essa possibilidade ainda não foi descartada.

Agradeço qualquer ajuda, obrigado desde já.