Assim é praticamente impossível a gente achar o problema. Não tem um link com o site pra gente olhar?
Vc tem que definir as larguras das divs, senão elas ocupam todo o espaço disponível.
Dá uma olhada nesses links que podem te ajudar a começar a partir de uma referência sólid:
http://layouts.ironmyers.com/
http://www.code-sucks.com/css%20layouts/fixed-width-css-layouts/3-column-css-layouts/fw-34-3-col/
http://maujor.com/tutorial/layout-css-passo-a-passo.php
Recomendo que vc instale a extensão Firebug para o Firefox e use-a para analisar o seu layout. É incomparavelmente mais fácil do que se vc tentar analisar o código “puro”.
e onde eu defino as largura das divs?
No CSS… tem certeza que já possuí o conhecimento necessário para desenvolver seu próprio tema? Sem querer ser chato, mas no inicio é bom ler bastante sobre o assunto, depois começar tentando modificar alguns temas prontos e por fim começar com seu próprio tema.
Pra fazer um tema WP ou modificar é preciso conhecer um pouco de HTML, CSS, PHP e do Codex do WP.
bom se eu tivesse conhecimento pra desenvolver tema do zero não estava aqui eu acho, tanto que a parte do header eu consegui faze, mais os dois side e main, num consigo por no lugar certo de jeito nenhum, só queria ajuda nisso, que no resto eu do um jeito!
Abraços!
Use a propriedade width nas propriedades da sua div, no css.
Mas eu concordo com o Leo. Vale mais a pena começar editando layouts prontos para ir pegando a manha. A ironia da coisa é que o php e as funções do wordpress são o mais fácil, porque são precisos, bem definidos e padronizados. Já html e css são mais capciosos, uma coisa que funciona bem no Firefox não funciona no IE, e vice-versa.
Então é bem complicado mesmo…