Boa noite Octacilio,
Bem, não uso Woocommerce, então escrevo mais para lhe passar a lógica sobre como eu obteria respostas.
Quando você escreve “Este portal terá uma entrada de nota fiscal do fornecedor. A duvida é quando der a entrada da nota fazer a sua integração com o estoque da loja virtual”. Se entendi bem, o que você deseja é algo similar a sistemas tipo ERP, onde você cadastra uma nota de entrada e o sistema joga os quantitativos dos produtos que entraram para o estoque.
Se é essa a questão, você precisará se entender com o Woocommerce, ver se eles possuem uma extensão que atenda esse seu desejo – http://www.woothemes.com/product-category/woocommerce-extensions/. De cara, acho dificil, pois o Woocommerce é criado para o padrão jurídicos e de impostos (taxes) americano.
Pesquisando no Google, uma solução que vi no repositório do WordPress foi uma integração com o Bling – https://wordpress.org/plugins/bling-woocommerce/. O Bling é um ERP online, muito bom por sinal (já usei), onde aqui sim você poderia fazer a gestão comercial de sua empresa (ou seja, adicionar notas e gerenciar estoque), que se refletirá em sua loja virtual Woocommerce.
Mas entenda, sua questão é diretamente com o Woocommerce, e é possível – só que terá que ou investir em um plugin integrado com um ERP ou contratar um programador que desenvolva a solução – não acredito que o Woocommerce forneça essa solução nativamente.
Pois o tema é apenas a “casca” que você mostrará ao usuário, a questão não é o tema, use o que quiser, mas precisa desenvolver a solução para a integração entre cadastro de notas fiscais e gerenciamento de estoque ou integrar com algum ERP brasileiro com plugin para isso.
Por fim, para esse tipo de projeto sugiro que o desenvolva online. Pois já criei wordpress em localhost e quando você passa para servidor online a chance de problemas é grande, se você não é desenvolvedor. Pois há uma série de modificações em banco de dados necessárias, já que seu projeto iniciou em uma local (localhost), mas de repente está em outro (servidor).
Abraços e espero que encontre uma solução para seu projeto,