personalizar paginas do woocommerce

Não é tão difícil personalizar o WooCommerce. Já quanto ao bootstrap, creio que ele não atrapalha na customização do WooCommerce, no entanto, acho que é melhor você não lutar contra o plugin. Ele já vem bem bonito e com um CSS fácil para você fazer os “overrides”. Portanto eu manteria o CSS default do plugin e apenas faria os overrides necessários.

Outro motivo para você seguir minha dica é que seu projeto ficará mais flexível caso lancem novas funcionalidades e CSS para futuras versões do plugin.