Se está funcionando desta forma vc provavelmente não utiliza o menu personalizado da versão 3.0, neste caso o recomendado é atualizar seu tema para que ele comece a suportar esta funcionalidade.
Para saber mais veja http://codex.wordpress.org/pt-br:Refer%C3%AAncia_de_Fun%C3%A7%C3%A3o/wp_nav_menu
O bom de vc atualizar seu tema para esta funcionalidade é que vc faz o menu que bem quiser e não só com páginas, mas com qualquer coisa do seu site.
Fábio, pelo que entendi, você deseja alterar a ordem das páginas gerada pelo wordpress, acredito que dando a sequência desejada no campo ordem na edição da página você consiga o que desja.
Mas també tenho uma questão sobre a ordem das páginas.
Em meu site fiz da seguinte maneira:
Início/Home(ordem 0) Pg/menu1(ordem 1) Pg/menu2(ordem 2) Pg/menu3(ordem 2) … etc
e para o sub-menu voltei a zerar a ordenação assim: Pg/menu2 >> SubPg/menu1(ordem 0) Pg/menu3 >> SubPg/menu1(ordem 0) …etc
Não sei se fui claro.
Será que o que estou fazendo está correto?
Grato pela atenção.
Gustavo
olá Myst1010,
realmente era o tema.
Atualizei e agora está ordenado.
obrigado.