Não consigo apagar arquivos

Tenho vários sites hospedados em uma revenda. Às vezes o cliente pede um novo layout e antes de mexer no site, eu costumo criar uma réplica com o mesmo conteúdo, para não ficar mexendo e trocando tema no site original. Acontece que de uns dias desses para cá, quando copio o site, recebo a mensagem:

Internal Server Error

The server encountered an internal error or misconfiguration and was unable to complete your request.

Please contact the server administrator, webmaster@ww2.conesulnoticias.com.br and inform them of the time the error occurred, and anything you might have done that may have caused the error.

More information about this error may be available in the server error log.

Additionally, a 404 Not Found error was encountered while trying to use an ErrorDocument to handle the request.

Apaguei o arquivo .htacces, mas o problema não foi resolvido. Tentei apagar o arquivo wp-config.php, mas não consigo. Apaga, mas ao dar refresh, eis que ele ainda está lá.

Quanto tento mudar as permissões de escrita para 777, também não aceita. Eu uso um plano de hospedagem da Godaddy.

Alguém já experimentou esse problema e pode me dizer como resolveu?