olá @air-gear,
bem, é curioso que na página do desenvolvedor ele coloca um tutorial que acredito ser completo para esse plugin,
https://wordpress.transformnews.com/plugins/mystickymenu-simple-sticky-fixed-on-top-menu-implementation-for-twentythirteen-menu-269
e lá é possível ver nas imagens que você pode ir em Configurações > myStickymenu > aba Style > há uma opção “Sticky Background Color”, que acredito ser o que você deseja. então sugiro que ao invés de usar esse CSS personalizado, experimente usar o painel do próprio plugin.
no mais, haveria algum link para visualizar o problema? acredito que usando o Inspecionar Elemento do navegador facilite poder lhe ajudar nesse caso, se porventura o tutorial oficial do plugin não der o resultado esperado.
saudações e boa sorte,