Se for isso que estou pensando a solução é simples.
1) Na página principal com todas as categorias é só deixar o loop normal (acredito que você já tenha um loop padrão exibindo todas as categorias).
2) No caso das páginas das categorias, o próprio WordPress possui essa filtragem, em aparência > Menus é só criar um link do tipo Categoria “Page X e Page Z” e inserir as duas páginas em seu Menu.
3) Se um Post estiver nessas duas categorias, consequentemente ele vai estar nessas duas páginas de categoria.