Os loops e algumas funções usando uma das várias querys que o WP tem alteram alguns aspectos dos menus personalizados.
Provavelmente vc deve ter um loop afetando isso ou alguma verificação de que página se encontra como, is_page() ou is_category() talvez.
Para resolver o problema tente colocar no final do loop a função
wp_reset_query();
se for uma função que está causando o problema ele está defeituosa, neste caso as consultas que a função está fazendo devem ser corrigidas.
O problema é identificar de onde vem a alteração, mas certamente alguma loop ou função está causando isso.