Menu desaparece quando inclui muitos itens

Estou com esse problema faz um bom tempo e não encontro solução.

Quando chega a uma certa quantidade de menus e submenus, o menu simplesmente desaparece depois que salvo as alterações.

Diversos artigos na internet falam para criar um arquivo php.ini no root ou no wp-admin com o código:

max_input_vars = 3000;
suhosin.post.max_vars = 3000
suhosin.request.max_vars = 3000

Mas não funciona. E quando uso a função phpinfo() para saber se foi alterado, os valores são esses:

Directive / Local Value / Master Value

max_input_vars 5000 1000

suhosin.post.max_vars 1000 1000

suhosin.request.max_vars 1000 1000

Ou seja, não altera eu acho. E nem sei a diferença entre Valor Local e Master. O que posso fazer?