Links permanentes na versão 3.1 e 3.2

Fiz manualmente o update da versão 2.8 para a 3.1 e os links permanentes (numéricos) deixaram de funcionar direcionando os posts para uma página de erro. Mudei para o link permanente padrão e voltou a funcionar nos posts mas perdi todos os demais links nos textos que não direcionavam autmaticamente. Migrei pra 3.2 e o problema persistiu. Por fim retornei para a 2.8 e depois de muitos “salvar alterações” o numérico voltou a funcionar.
Alguém sabe como lidar com esse problema na versão 3.2?