Limitação de quantidade de links/páginas e sublinks

Olá, fiz um site para uma instituição de caridade que contém muitos links/páginas. O site foi desenvolvido em tema padrão e após instalei alguns temas para a Instituição escolher. Ai que vem o problema. O site contém mais de 100 páginas e sub-páginas, em alguns temas aparecem todos os links, mas quando altero o tema, parte das sub-páginas desaparecem do menu. Outro problema é que os links (menu) aparecem no Admin-Menu para seleção (mostrar todos). Mas no menu salvo, também não aparecem todos os que selecionei. Outra situação, por exemplo, se utilizar outro tema aleatório e a medida que for adicionando novas sub-paginas em determinada página mãe, ele automaticamente é subtraído do outro sub-menu.
A questão é: Existe limitação referente a quantidade de links-páginas e sub-páginas? Estou trabalhando nisso há mais de 30 dias e ainda não consegui uma solução.
No aguardo, obrigado.
Att,
Tesoni