Frete a combinar (Grátis) – Woocommerce não pode ser grátis

Não tem muito segredo não de como fazer isso.

Você precisa apenas ver o ID do método que você vai usar (da para ver isso na bela dentro de WooCommerce > Configurações > Entrega).

Então por exemplo se você escolhou a “Retirar no local” que tem o ID como local_pickup você pode então fazer o seguinte:

function custom_wc_shipping_label( $label, $method ) {
	if ( 'local_pickup' == $method->id ) {
		$label = __( 'Nome novo' );
	}

	return $label;
}

add_filter( 'woocommerce_cart_shipping_method_full_label', 'custom_wc_shipping_label', 10, 2 );