Erro nos links

Meu site atualmente é em .asp e eu estou passando o conteúdo para o wordpress, então ele está em uma subpasta do meu domínio. O site estava funcionando normalmente, até eu tentar mexer na página inicial dele no servidor.

Aí o que acontece é que agora, quando eu coloco o endereço que antes abria a página inicial (http://www.bioloja.com/biolojanovo/) ele não a encontra, só abre se eu digitar /index.php. Só que todas as páginas de dentro também estão dando erro:

The page cannot be found

The page you are looking for might have been removed, had its name changed, or is temporarily unavailable.

Já tentei alterar os links permanentes, mas nada acontece. Alguém sabe como resolver?