Erro .htaccess sobrescrevendo

Olá pessoal,

O meu site estava normal até semana passada, mas segundo a hostgator a senha do meu cliente vazou e algum virus hospedou vários malware no ftp.

Depois que a senha foi alterada e os virus excluidos o arquivo htaccess não atualiza mais.

Se eu edito ele nos link permanentes para ficar com url amigável, ele até atualiza, mas quando acesso o site, o arquivo htaccess volta como era antes.

Eu quero que ele fique assim:

# BEGIN WordPress
<IfModule mod_rewrite.c>
RewriteEngine On
RewriteBase /site/
RewriteRule ^index\.php$ – [L]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule . /site/index.php [L]
</IfModule>

# END WordPress

Mas se eu tento editar pelo backend ou baixando o arquivo e hospedando manualmente ele sempre fica como:

# BEGIN WordPress
<IfModule mod_rewrite.c>
RewriteEngine On
RewriteBase /
RewriteRule ^index\.php$ – [L]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule . /index.php [L]
</IfModule>

# END WordPress

Eu até baixei o plugin htacccess Control como explicado nesse topico https://br.forums.wordpress.org/topic/nao-consigo-alterar-link-permanente?replies=16

Mas não resolveu, no plugin fica marcado como atualizado, mas se eu baixo o arquivo htaccess ele sempre fica na versão antiga