Editar páginas dá erro 404

Olá,

estou tendo um problema após ter alterado o permalink do meu site wordpress e não sei bem se o problema é realmente nele. Bem, instalei um outro aplicativo no meu site que não tem a ver com o WP, porém, quando eu atualizo alguma página nele, volta para o wordpress com um erro 404 – Page Could Not Be Found.

O WordPress está instalado na pasta raíz e o aplicativo está numa pasta separada. Já tentei editar algumas vezes o .htaccess mas não deu em nada. Alguém saberia como me ajudar?

Grato~