Dúvida sobre urls e custom post types

Uma boa referência para começar a entender a estrutura do WordPress e por consequência suas url’s (que ainda dependem da configuração de seus Links Permanentes no painel) http://codex.wordpress.org/Template_Hierarchy

Para que você pudesse agrupar os produtos por empresas, ao invés de utilizar um metafield, você poderia utilizar uma taxonomia.

Taxonomias – Sistema de agrupamento de informações/elementos, como por exemplo marca.

Termo – Elemento de uma taxonomia. Nossa taxonomia empresa pode ter os seguintes termos: nike, adidas e puma (marcas).

Para criar uma taxonomia, veja: http://codex.wordpress.org/Function_Reference/register_taxonomy

Ao criar uma taxonomia, é possível listar os produtos de uma marca em uma url do tipo:
/produtos/{taxonomy-name}/{term}

Sendo no exemplo:
/produtos/empresa/puma – Onde apenas os produtos da puma serão listados.

Com o plugin Advanced Custom Fields você poderia criar metaboxes para a taxonomia, adicionando o logotipo em cada termo/marca.

Se for metabox, bem, não sei como fica a questão da listagem e url, seria um problema muito maior do que a usabilidade de cadastar as imagens nos termos.