Desenvolvimento de Sistema com WP (DB e Relacionamento CPT)

Olá, eu estou há um bom tempo naquele feijão com arroz de utilizar CPT, plugins, etc. Estava estudando Laravel pra desenvolver aplicações. Acontece que eu já defendo a bandeira do WP para sites, inclusive ensino wp para iniciantes.

Eu quero dar um passo a mais nisso…
Atualmente tenho utilizado plugins como o Toolset, ACF, CPT-UI e tem me ajudado.

Ocorre que eu pretendo partir para criar aplicações com relacionamentos e algo mais complexo.

Me veio algumas dúvidas iniciais:

Eu vejo que alguns plugins desenvolvidos, criam tabelas próprias e armazenam os relacionamentos e até mesmo ignoram o uso de CPT’s.

Outros plugins, vejo que usam apenas a base nativa, e assim, utilizam CPT + termos…

A minhas dúvidas vão nesse sentido de compreender:

1) Se eu tiver uma aplicação com vários registros, por exemplo um sistema que tenha CPT’s (Cursos, Aulas, Perguntas, Respostas, etc) e vou ter vários alunos, vão ser várias perguntas, vários registros. Eu queria entender se com o tempo com vários registros a consulta em uma única tabela para filtrar determinado CPT não pode ficar lento…
Assim, queria saber mesmo qual é considerada a melhor prática, criar uma tabela para cada entidade como fazemos “normalmente” ou usar mesmo os CPT’s.

2) Qual a melhor forma de fazer o relacionamento entre os CPT’s? criar um custom field para armazenar o id de relacionamento, ou criar uma tabela para fazer a relação?

Obrigado,

Viana.