Consumo excessivo de CPU com Apache

Boa noite,

Após configurar Links permanentes com uma estrutura personalizada:

/%category%/%postname%/

Encontrei o habitual problema dos 404 em todas as URLs. Estudei as documentações e descobri que o arquivo: .htaccess existia, estava sendo escrito adequadamente pelo WordPress, mas era ignorado pelo Apache.

Adicionei o seguinte ao arquivo de configuração de Virtual Host:

<Directory /var/www/>
Options Indexes FollowSymLinks MultiViews
AllowOverride All
Order allow,deny
allow from all
</Directory>

O problema foi resolvido, mas há um novo, que não consegui resolver pesquisando:

O consumo de CPU cresce assustadoramente chegando aos 100% sem redução, até que o MYSQL cai e o site fica indisponível. Misteriosamente, basta que eu comente as linhas acima para que o problema não ocorra, mas daí fico com 404 nas URLs amigáveis.

O que fazer?

Muito obrigado.