Conflito Jquery

Olá,

Estou trabalhando com bootstrap então inseri os css e js no functions :

<?php
function add_theme_scripts(){
wp_enqueue_style('bootstrap-css', get_template_directory_uri() . '/css/bootstrap.css');
        wp_enqueue_style('bootstrap-min-css', get_template_directory_uri() . '/css/bootstrap.min.css');
        wp_enqueue_style('bootstrap-theme-css', get_template_directory_uri() . '/css/bootstrap-theme.css');
        wp_enqueue_style('bootstrap-theme-min-css', get_template_directory_uri() .  '/css/bootstrap-theme.min.css');  

wp_enqueue_script('bootstrap-js', get_template_directory_uri() . '/js/bootstrap.js', array('jquery'), '1.0', false);

	wp_enqueue_script('bootstrap-js', get_template_directory_uri() . '/js/bootstrap.min.js', array('jquery'), '1.0', false);

	wp_enqueue_script('jquery-js', get_template_directory_uri() . '/js/jquery.js', array('jquery'), '1.0', false);
}

add_action( 'wp_enqueue_scripts', 'add_themebrasil_scripts' );
?>

Sei que por padrão é carregado o wp-includes/js/jquery/jquery.js, mas a questão é que o modal e toggle do botstrap não estavam funcionando então tive que chamar no function acima o jquery que esta dentro da pasta do tema (que é a mesma versão do que esta no wp/includes):

wp_enqueue_script('jquery-js', get_template_directory_uri() . '/js/jquery.js', array('jquery'), '1.0', false);

Tanto nele como nos outros scripts (bootstrap) coloquei false, para não carregar no footer e sim no header, pois no footer o bootsrap não funciona corretamente.

Ok bootstrap, scripts tudo funcionando, mas tem um plugin de menu (não usa bootstrap) que com o código abaixo carrega o jquery localizado no wp-include:

wp_enqueue_script( 'jquery' );

Se eu tiro o

wp_enqueue_script('jquery-js', get_template_directory_uri() . '/js/jquery.js', array('jquery'), '1.0', false);

do function do meu tema os scripts do bootstrap não funcionam corretamente porém o plugin funciona perfeitamente. Se eu deixo, tudo relacionado ao bootstrap funciona mas o menu não.

Não entendo o motivo de não funcionar um ou outro, se ambos utilizam a mesma versão do jquery, e independente se for chamado do diretório wp-include/plugin/js/jquery ou wp-content/themes/meutema/js vai constar ao exibir o código fonte da página ou inspecionando o elemento.

Como posso resolver?