Configuração de Links Permanentes

Olá, preciso de ajuda!
Estou com problemas com a configuração de links permanentes (conhecidos como permalinks) do meu site.

Configuração padrão ou personalizada:

Agora eu estou usando a configuração padrão que está assim:
/?p=123 e quero usar a personalizada: /%category%/%postname%/ .

Mas quando uso o /%category%/%postname%/, o site roda parcialmente. Tenho problemas com a pagina
inicial
e com a galeria que são as únicas páginas que possuem animação. As páginas citadas empacam no carregamento e por lá ficam.

O que posso fazer para usar o permalink personalizado sem ter esses problemas? Tenho pesquisado muito, mas ainda não achei uma solução para isso.