Como manter alterações feitas manualmente mesmo após um update?

Eu tenho algumas alterações feitas nos templates e css de alguns plugins, e muitos parecem ficar atualizando a cada semana, rs. É sinal de bom suporte, mas toda vez que atualizo tenho que ir lá no editor e mudar as coisas tudo de novo…

Tem como deixar essas alterações salvas? Acho que já li sobre isso em algum lugar, mas não lembro onde, tentei procurar no Google mas não encontrei nada.

Se acharem melhor postar o link de tutorial ou coisa do tipo, sem problemas, e pode ser em inglês também… Isso se existir, né.

Abraço!