Não entendi muito bem sua duvida, nem a relacao dela com o filezilla.
Mas se estiver falando de “downgrade” ou seja, voltar da versao 3.9.1 para uma 3.9 por exemplo, nos aqui temos feito o seguinte: Sobrescrevemos as pastas e arquivos do WordPress, menos a pasta wp-content e o arquivo wp-config. Faça isso com cuidado e tenha sempre um backup do banco desse site.
E o mais indicado é fazer isso em um horario de pouco movimento (visitas) no site.
Agradeço amigo, consegui resolver o problema, como é um tema pago os desenvolvedores me enviaram o tema corrigido para a versão 3.9.1 do WP assim não preciso voltar para uma versão anterior do WP, mas agradeço pela atenção.
Bom saber que conseguiu resolver seu problema rafaelcosta, mas queria aproveitar para dizer que não é recomendado manter o WordPress desatualizado, a menos que você saiba muito bem o que está fazendo. Antes de atualizar o WordPress verifique se o tema e plugins são compatíveis, normalmente os desenvolvedores atualizam para manter a compatibilidade a cada nova versão do WP.
Legal que resolveu.
No meio tempo escrevi um post sobre isso no meu blog sobre isso, apenas para compartilhar, segue: [link removido pela moderação]
Everaldo, não utilize o fórum para promover seu blog.
Não veio o link. Agradeço pela força amigos.
Rafael, removido pelo moderador por promoção pessoal.
Desculpe.