Como criar um plugin wordpress corretamente

Olá @gislef, tudo bem?

Para desenvolvedores WordPress, o Codex é a lei e por isso, recomendo dar uma lida no link:
https://codex.wordpress.org/Writing_a_Plugin

Respondendo suas perguntas:

Onde crio a pasta do plugin para criar as subpastas css, js, etc?
Na pasta de plugins do WordPress (mais detalhes no link acima).

Quais as principais funções para criar a página de administração do plugin?
As funções para criação de menus estão descritas nesse artigo do Codex (mais detalhes no link acima).

Como funciona o ativar, atualizar, desativar e excluir plugin?
Como qualquer plugin normal do WordPress. A questão é que existem hooks disparados em cada uma dessas ações e então você pode executar o que você quiser nelas, como por exemplo limpar suas configurações do banco (não recomendo, ou recomendo perguntar antes).

Um plugin instalado não faz nada. Ele precisa ser ativado para começar a ser chamado na execução. Excluir, remove os arquivos da pasta de plugins.

Qual a similaridade entre criar um painel adminstrativo para plugin ou para tema?
As funções de adicionar menus e opções à administração são as mesmas.

Shortcodes como fazer para ser possível inserir no tema e no post, paginas, categoria, custom-post, etc
O Codex ensina tudo sobre shortcode e como criá-los nesse link.

Quais funções para interligar o plugin ao metabox
Plugins e meta boxes não tem relação direta. O que você pode é adicionar meta boxes através dos seus plugins.

Nesse caso, precisa entender como adicioná-las, nesse link aqui. Como elas são adicionadas na edição do post, geralmente uso o hook de salvamento do Post para gerenciar qualquer dado enviado pelas meta boxes (inputs).

Como trabalhar com selects para o plugin ser exibido em determina(s) categoria(s) de, post(s), custom-posts e pages?
Vai depender dos hooks utilizados. Por exemplo, o hook para adicionar meta boxes é add_meta_boxes, mas é boa prática escolher o hook de acordo com o Tipo de Post, então para o CPT “pl_noticias”, usaríamos a ação add_meta_boxes_pl_noticias. Além disso, add_meta_boxes recebe $post_type para verificação.

Como fazer o plugin aparecer nas opções de widgets
Você quer dizer como adicionar Widgets com um plugin? Basta estender a classe de Widget e registrá-la, como mostra nesse link da documentação.

Como fazem para ter um controle de ativações dos plugins gratuitos(indices) e comerciais(indice e chave para liberação de uso comercial)
Todo trabalho derivado do WordPress deve seguir a licença GPL. Para mais informações sobre licença leia aqui: https://wordpress.org/about/license/

Mais detalhes sobre o fluxo que empresas de plugins fazem me escapam.

E finalmente como funciona a parte do Banco de Dados, como por exemplo para salvar, deletar ou acessar no caso de ser shortcode, ou no caso de estar relacionado a uma postagem, pagina, custom-post, categoria, etc ?
Cada conteúdo dentro do WordPress, como posts, opções e widgets possuem suas funções e hooks de leitura, escrita, atualização e remoção (o CRUD).

Além disso, o WordPress tem a classe WPDB que te ajuda a fazer tudo o que precisar com o banco. Contudo recomendo fortemente que busque preferencialmente utilizar as funções que o WordPress já fornece para gerenciar dados, como por exemplo wp_insert_post, update_post_meta e update_option.

BÔNUS:

Você tem uma lista de todas as funções, hooks, classes e métodos do WordPress aqui:
https://developer.wordpress.org/reference/