Como carregar scripts independentes de templates.

Olá pessoal.
Já cheguei a perguntar algo parecido com a minha questão seguinte, porém, trago um problema um pouco diferente.

Atentem para o seguinte caso:

Tenho várias instalações WordPress, cada instalação contém vários templates instalados(Vez ou outra os clientes pede pra mudar o template), com isso, preciso carregar alguns scripts independentes do template, e como são vários templates para cada cliente e sendo vários clientes, atualmente tenho que abrir o header.php de cada template, adicionar a chamada para os meus scripts. Isso me gera um enorme trabalho, sendo que aparece constantemente vários clientes para fazer isso.
A pergunta é, em qual arquivo do WordPress, e qual função devo usar para chamar esses scripts para que eles estejam disponíveis no meu DOM?
Alguém poderia me dar uma ajuda com talvéz um passo-a-passo para solucionar o problema?

Desde já agradeço.