Comandos via FTP não estão funcionando

O que pode estar acarretando este problema? Enviei 2 imagens para a pasta onde ficam os logotipos randômicos do meu blog e para minha surpresa elas não estão aparecendo. Digito o link delas na barra de endereços e nada é encontrado. Deletei as duas e a que já estava antes segue abrindo como se não tivesse sido deletada. Pensei que pudessem ser os cookies ou cache, limpei e o problema persistiu. Tentei fazer o envio através do CPanel e aí sim funcionou. No CPanel estou na pasta “HEADERS” e ela tem duas imagens, que enviei pelo próprio CPanel. Acesso esta mesma pasta pelo Crystal FTP e ela não está com nenhuma imagem dentro.
Alterei as proteções de um arquivo que quero editar através do painel de controle do wordpress para 777, abri o arquivo e dá como se não fosse possível editá-la pois não tenho permissão para isso. Acesso este arquivo pelo CPanel e ele continua com as permissões anteriores, 644, que não permitem a edição.

O que está acontecendo? Será problema no Crystal? Ele sempre funcionou perfeitamente.