Busca avançada

Estou com um projeto de busca de linhas de ônibus, mas tenho de fazer uma busca avançada, que seria qual linha vai de um lugar para outro.
Ex: De Cidade 1 para Cidade 2, ai mostrar qual onibus tenho de pegar, se tiver linha direta mostra qual é, caso não tenha ligação direta mostra qual linha tem de pegar, mostrando o local onde pegar.
Dividi em categorias as cidades e por tags alguns pontos de referencia ..
Alguem tem ideia de como fazer isso? E tem como fazer? Ou caso tenha de fazer uma busca direta com o BD ..

Obrigado!