Esse não é um problema do plugin e sim do tema, como a Miriam falou, porém isso é tratado no header e não na single. Antes de propor pra você uma solução deixa te explicar como o tema funciona.
Na página inicial o tema pega a imagem de cabeçalho definida nas opções do tema (Aparência > Cabeçalho) e mostra no cabeçalho do site, você pode alterar essa imagem neste mesmo menu. Já nas páginas internas do post o tema verifica primeiro verifica se existe uma imagem de destaque no post e caso sim ele vai mostrar a imagem de destaque, caso não ele mostra a imagem definida no menu Aparência > Cabeçalho.
Diante disto, se não quer que a imagem de destaque apareça no topo é só não cadastrar nenhuma imagem de destaque. Se você não tiver feito nenhuma alteração no tema a imagem de destaque só é utilizada para isso, se você não quer basta não cadastra-la, simples assim.
Se você fez alterações no tema e está usando a imagem destacada em outra parte do site, mas quer que no topo sempre apareça a imagem definida nas opções do tema e não a imagem destacada, faz o seguinte: abra o arquivo header.php do seu tema e procure pelo código abaixo, no padrão do tema ele fica na linha 79.
if ( is_singular() && current_theme_supports( 'post-thumbnails' ) &&
has_post_thumbnail( $post->ID ) &&
( /* $src, $width, $height */ $image = wp_get_attachment_image_src( get_post_thumbnail_id( $post->ID ), 'post-thumbnail' ) ) &&
$image[1] >= $header_image_width ) :
E altere por:
if ( 'a' == 'b' && is_singular() && current_theme_supports( 'post-thumbnails' ) &&
has_post_thumbnail( $post->ID ) &&
( /* $src, $width, $height */ $image = wp_get_attachment_image_src( get_post_thumbnail_id( $post->ID ), 'post-thumbnail' ) ) &&
$image[1] >= $header_image_width ) :
O que eu fiz? Uma gambiarra… eu sei, mas é que fiquei preocupado em passar a forma mais simples para o caso de você não possuir conhecimentos de programação, no IF que testa se a imagem destacada existe e se é adequada para o cabeçalho eu adicionei o criterio “se a for igual a b”, como a nunca será igual a b ele passa para a outra condição que vai exibir o cabeçalho definido nas opções do tema.
Se você possuir conhecimentos de programação é simples, nessa mesma posição tem um if e um elseif, basta apagar e deixar apenas a exibição da imagem que está configurada nas opções do tema.
Qualquer dúvida volta aqui.
