Arquivo htaccess substituído e multisites parou de funcionar

Você pode recriar o arquivo tranquilamente, o padrão é

# BEGIN WordPress
RewriteEngine On
RewriteBase /
RewriteRule ^index\.php$ - [L]

RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} -f [OR]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} -d
RewriteRule ^ - [L]
RewriteRule ^([_0-9a-zA-Z-]+/)?(wp-(content|admin|includes).*) $2 [L]
RewriteRule ^([_0-9a-zA-Z-]+/)?(.*\.php)$ $2 [L]
RewriteRule . index.php [L]

# END WordPress

Você pode ler mais a respeito AQUI.