Olá,
A paginação sempre vai funcionar para o loop principal (o que obtém os posts naquele contexto, ex.: listagem de categoria pelo arquivo category.php etc), até onde sei não é muito simples fazer paginação em um loop secundário (precisaria usar ajax talvez).
Se você só quer um loop secundário que não quebre a paginação do loop principal use get_posts ou new WP_Query, nunca use query_posts novamente em um mesmo arquivo.
Olá Diana, você pode me ajudar nisso:
E troquei a categoria a ser exibida na home, e desde então, a paginação parou… se clicar na página 2 mostra os posts da página 1
Olha o código:
http://pastie.org/8556449